1227年8月，成吉思汗在六盘山去世。在临终时，他召集了自己的儿子们，要求他们团结一致，支持他的第三子窝阔台继位。 1229年，在经过了忽里勒台会议的决定后，窝阔台顺利继承了大汗的位置，成为蒙古帝国的第二任大汗。最初，成吉思汗希望由四子托雷继承帝位。蒙古有幼子守灶的传统，通常会选年幼的儿子做继承人，而托雷恰好是他最小的儿子。然而，随着蒙古帝国的不断扩张，成吉思汗的想法发生了变化。他意识到，尽管托雷在军事上表现出色，但他缺乏足够的治国能力，难以管理如此庞大的国家。而窝阔台则以聪慧和治国才能著称，因此更适合担任继承人。于是，成吉思汗打破了蒙古传统的规则，选择窝阔台作为继位者。同时，为了安慰托雷，他将自己的大部分财产和军队交给托雷继承，而窝阔台仅继承了少部分资源。在成吉思汗的直接指挥下，有约12.9万大军，其中10.1万由托雷继承。也就是说，窝阔台继承了汗位，但托雷却掌握了军权。成吉思汗的这一安排，虽然源自他对儿孙团结的信任，但最终却埋下了蒙古帝国内乱的种子。成吉思汗认为，自己的儿子们会和睦相处，不会为权力和财富争斗，然而实际情况却并非如此。成吉思汗去世后，窝阔台在继位前经历了两年的空窗期，这段时间里，蒙古并没有正式的大汗。这一空白期的原因是，窝阔台手中没有足够的军权，他不敢轻易继位，而是选择让托雷代为执政。

至此，蒙古的大汗汗位终于由窝阔台一系转为托雷一系，但这一切并未意味着蒙古内部争夺的结束。蒙哥继位后，地位相对稳固，他任命了忽必烈、旭烈兀和阿里不哥为重要将领，并赋予他们重任。忽必烈负责对南宋作战，旭烈兀继续西征，阿里不哥则留在北方。在蒙哥在位的八年里，蒙古取得了不少军事成就，尤其是在西征和对南宋的战争中。但在1259年，蒙哥在攻打南宋的钓鱼城时意外去世，未能立下继承人。原本，蒙哥的儿子应继位，但由于年幼或者没有军权，他的几个儿子并没有继承权力，最终引发了忽必烈与阿里不哥的争斗。1260年，忽必烈借助蒙古贵族和汉族地主的支持，在开平召开忽里勒台，正式继位。而阿里不哥也在和林召开了另一次忽里勒台，得到另一部分黄金家族成员的支持，两者之间爆发了激烈的战斗，蒙古帝国的内战由此展开。